Коли Судан став незалежним 1 січня 1956 р., Переважно анімістичні та християнські народи, що проживали на півдні нової країни, не мали регіональних символів, тоді як домінуючі мусульмани на півночі та в центрі країни вивішували банери з ісламською символікою. До здобуття незалежності британці (які правили спільно з єгиптянами) організували відповідні місцеві символи для регіонів Судану, але новий уряд у незалежному Судані виступав проти використання цих символів як протилежних вихованню національної єдності.
Вікторина, що вивчає Африку: факти чи вигадки? У Кенії ніколи не випадає сніг.З самого початку південний Судан відчував дискримінацію з боку ісламського півночі. Південці вели тривалу і криваву громадянську війну, щоб здобути свою незалежність, що завершилося мирною угодою в 2005 році, яка включала референдум про незалежність на півдні. Цей референдум був переважно прийнятий у січні 2011 року, а Південний Судан став незалежним 9 липня. У 1990-х роках, під час їх боротьби з північчю, південні Судани створили прапор незалежності, який став новим національним прапором, піднятим вперше оскільки Південний Судан став незалежним 9 липня 2011 року.
Цей прапор має шість кольорів. Чорний нагадує чорне африканське походження південних Суданів та традиційну назву їхньої землі, що походить від арабської bilād al-sūdān («земля чорних»). Білий колір у прапорі - символ миру та доброї волі для всіх. Червоний означає кров та жертви героїв та мучеників протягом століть. Зелений колір символізує сільське господарство, ліси, природне багатство та процвітання, а також прогрес. Блакитний трикутник представляє вічну систему річки Ніл, яка протікає по суші та забезпечує їжу. Жовтий - символ надії та рішучості для всіх людей.
