Незалежність Чорногорії була визнана в 1878 році, і цього року Чорногорія прийняла горизонтальний червоно-синьо-білий триколірний серб Сербії (з яким вона була вільно зв’язана) для власного державного прапора. Його загальнослов’янські кольори були натхненні російським прапором. Коли Чорногорія придбала флот, на дизайні з’явилися символи принца (згодом короля) Миколи. Після Першої світової війни незалежна Чорногорія разом із кількома іншими балканськими країнами стала частиною Королівства сербів, хорватів та словенців (пізніше перейменованої в Югославію) і не мала власного прапора. Югославія була розпущена державами Осі під час Другої світової війни; Чорногорія, номінально незалежна, була окупована Італією і знову літала червоно-синьо-білим триколором з липня 1941 по листопад 1943 року.
Після війни Югославія була відновлена як федерація, а її республікам було дозволено приймати прапори. Чорногорія використовувала свій триколірний колір із жовтою контурною червоною зіркою в центрі з грудня 1946 р. До 1993 р. Республіка залишалася (разом із Сербією) в югославській федерації після того, як інші республіки відокремилися від неї на початку 90-х; країна була відома як Сербія та Чорногорія у 2003–2006 рр.
13 липня 2004 року Чорногорія прийняла відмітний прапор. На основі старого королівського прапора новий прапор Чорногорії був червоно облямований жовтим. У його центрі знаходився жовтий двоголовий орел із щитом із левом - династичним гербом династії Егош, яка колись управляла Чорногорією. У 2006 році народний референдум у Чорногорії підтримав її відокремлення від федерації, а незалежність була проголошена 3 червня; на той день прапор 2004 року став національним прапором Чорногорії.
