Коли в Західному Туркестані до влади прийшли Ради, обіцяючи рівність і розвиток для всіх етнічних груп, киргизи отримали власну автономну область в 1924 р. У 1926 р. Вона була піднята до статусу автономної республіки, а в 1936 р. Стала союзом республіки в складі СРСР У 1953 р. Киргизька РСР прийняла модифікований варіант Радянського Червоного Прапора, додавши через центр синю горизонтальну смугу з білими рамками. Після проголошення Киргизією своєї незалежності 31 серпня 1991 року вона продовжувала використовувати свій радянський прапор до 3 березня 1992 року.
Фон нового прапора, який використовується і сьогодні, також червоний, але, як говорили, це походить від прапора, який несе національний герой Киргизії Манас Благородний. У центрі прапора - жовте сонце з 40 променями, що відповідає послідовникам Манаса та племенам, які він об’єднав; його подальшими символічними атрибутами є світло, благородство і вічність. На цьому сонці червоно-жовта емблема з двома перехрещеними наборами по три лінії кожна, все в межах кільця. Це стилізований вид на дах традиційного киргизького будинку - юрти. Мало хто з киргизів досі живе в юртах, але до середини 20 століття більшість цього кочового народу створювали юрти скрізь, де вони подорожували. Символічне значення цього дизайну є досконалим: закон про прапор говорить про походження життя, єдність часу та простору, історію киргизького народу, солідарність, вогнище та дім.
