У День Організації Об’єднаних Націй, 24 жовтня 1962 р., Вперше було піднято прапор на довірчій території Тихоокеанських островів (ТТПІ), яка під наглядом Організації Об’єднаних Націй перебувала під управлінням США. Кольори цього прапора, світло-блакитний та білий, базувались на кольорах прапора ООН. Створений Гонсало Сантосом, прапор отримав остаточне затвердження в 1965 році на основі голосування в Національному конгресі Мікронезії.
Шість білих зірок у прапорі території довіри відповідали шістьом районам країни - Палау, Маршаллові острови та Північні Маріанські острови (всі вони згодом стали окремими державами), а також Яп, Трук (нині Чуук), і Понапе (нині Понпеї). Три останні острівні групи стали Федеративними Штатами Мікронезії в 1979 році разом з додатковим районом Кусае (нині Косрае). Новий прапор Мікронезії був розроблений і затверджений тимчасовим конгресом 30 листопада 1978 року. На основі дизайну та символіки прапора, який раніше використовувався територією довіри, цей прапор представляв чотири п'ятикутні білі зірки для чотирьох районів (штатів) , зосереджена на блакитному полі для Тихого океану. Один промінь кожної зірки спрямовував убік від центру прапора, ніби розміщений на уявному кільці.Вільна асоціація зі Сполученими Штатами була досягнута 3 листопада 1986 р., А згодом було зроблено невелику модифікацію прапора: темно-синій був замінений на “синій ООН” оригінального прапора TTPI.
